2022年——乃是忍者活躍期間的年代。　　

所謂的忍術，對於該年代的人們來說，那已經是個日常，但也是個充滿了新的運動競賽方式。　　

平常只是作為月薪制的工薪族生活，總是展現出被妹妹稱為 「廢物的是只擅長忍術吧」 的讓人吃驚程度地狼狽不堪的樣子的青年：神藏蓮太郎，他的另一個身份是與暗之忍者軍團‧虹蛇相戰鬥的傳說的忍者‧假面騎士Shinobi。　　

這是一個暗中保護他人，斬除墮落者的年輕忍者故事。座右銘為——「忍字意為斬刃之心！」